Messbalken einfügen bei Mikroskopieaufnahme

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    • Messbalken einfügen bei Mikroskopieaufnahme

      Messbalken einfügen bei Mikroskopieaufnahme
      Ich würde gerne in eine mikroskopische Aufnahme (aufgenommen in 20-facher Vergrößerung) einen Messbalken einfügen. geht das, wenn ich abgesehen von der Vergrößerung nur die "Pixel per meter" kenne?
    • Hallo Maria,

      das geht z.B. in ImageJ/FIJI sehr einfach, wenn du eine Referenz wie das von Bernd erwähnte Objektmikrometer oder ein anderes Objekt mit exakt bekannter Größe hast (und das unter dem Objektiv Platz hat). Referenz mit genau der Vergrößerung fotografieren, mit der du dein zu vermessendes Objekt fotografieren willst.
      In ImageJ das Referenzbild laden, mit dem Linientool eine bekannte Strecke markieren, unter Analyze > Set Scale Known distance und Unit eingeben, Global ankreuzeln. Dein zu vermessendes oder zu labelndes Bild laden, den Ort des Messbalkens mit dem Linientool ungefähr markieren, Analyze > Tools > Scale Bar... anklicken, Länge und evtl. andere Parameter eingeben. Fertig.

      Wenn du nur Pixel pro Meter kennst, kannst du diese ebenfalls mit Analyze > Set Scale eingeben. Ist aber sicher nicht so genau, wie die exakte Vermessung.

      Mit dieser Kalibrierung kannst du auch ganz einfach Strecken und Flächen vermessen. Wenn du mit dem Linientool einen "Schnitt" über dem Bild machst, z.B. quer über eine Zelle, kannst du mit Analyze > Plot Profile ein Intensitätsprofil plotten und hast ebenfalls die korrekten Längen. Das war jetzt nur ein ganz kleiner Teil von ImageJ, meinem Lieblingstool für Image processing in der Mikroskopie. Und das alles gratis mit unendlich vielen Plugins.

      VG
      Klemens
    • Neu

      Ja es gibt schon so vieles...
      Aber das beste Programm kann eben nicht riechen, wieviele Pixel der Aufnahme an µm des Objektes entsprechen. Das muß eben über das gute alte Objektmikrometer ermittelt werden.
      Ist das bekannt, kann man sich nach der Zeichenmethode die Maßbalken erstellen, um einen Größenvergleich zu bekommen.
      Damit man aber nicht zu jeder Aufnahme den Maßbalken erneut zeichnen muß, empfielt es sich, mit der Ebenen bzw. Layer-Methode zu arbeiten. Dabei wird der Maßbalken in einer Ebene über dem Bild gezeichnet und abgespeichert. Diese Ebene läßt sich dann als Kopie in jedes weitere Bild überlagern, um so den Maßbalken zu bekommen, vorausgesetzt, es ist dasselbe Objektiv mit derselben Zwischenvergrößerung inkl. Fotoadaption. Ansonsten müssen die Ebenen mit den Maßbalken für jede Aufnahmebedingung erstellt werden.

      VG
      Bernd
    • Neu

      Genau das hab ich oben beschrieben. Foto einer genau bekannten Strecke (Objektmikrometer) aufnehmen, ImageJ den Maßstab berechnen lassen, mit den gleichen Einstellungen beliebig viele Objekte/Fotos aufnehmen, Maßstäbe darauf platzieren und gut isses. ;)
      Nebeneffekt ist, dass man noch mehr Werkzeuge zur Vermessung hat, nicht nur zum Balken Zeichnen und Kopieren.

      VG
      Klemens
    • Neu

      Integrationsokular ist das Ding mit dem man Flächen(verhältnisse) "schätzen" kann? So ein Punktnetz, das Dreiecksflächen "aufspannt" und man dann die Punkte drinnen zu draußen abzählt, ein sich mittelnder Fehler mit inbegriffen?

      Das kann so eine image processing Software ohne großen Aufwand und z.T. auch automatisiert. Zellen zählen, Zellgrößenverteilung ermitteln, beliebige Polygone zeichnen und Fläche berechnen, uswusf..... Bei ImageJ/Fiji und Icy gibt's dazu Plugins bis zum Abwinken. Hier ein Teaser imagej.nih.gov/ij/docs/guide/146-30.html und youtu.be/FiFwxoxOmNo oder youtu.be/JQAZ--c9YfI
      Eigene Berechnungen sind ebenfalls möglich über Scripts.

      Man darf sich diese Software aber nicht wie Photoshop vorstellen, wo man interaktiv arbeitet (=am Bild mit der Maus herumfummelt), sondern es ist wie eine Pipeline: Bild laden, Bild verarbeiten, Bild ausgeben/ansehen. Alles natürlich auch mit Scriptsprache(n) für Routineverarbeitung. Und open source mit riesiger vorwiegend universitärer/wissenschaftlicher Community [img]https://mikroskopie-forum.at/wcf/images/smilies/thumbsup.png[/img].

      VG
      Klemens

      Dieser Beitrag wurde bereits 1 mal editiert, zuletzt von kljosc ()