ImageJ/Fiji ein Open Source Programm für's Image Processing

So, ich fang mal ein Thema zu ImageJ/Fiji an.

Zwei Anleitungen hab ich ja vor einiger Zeit schon erstellt

und

.

Vorab aber mal die Installation und die ersten praktischen Anwendungen:

1. Unter https://imagej.net/software/fiji/downloads das für deine Rechnerarchitektur passende ZIP-File herunterladen und entpacken. Ich beziehe mich auf die Windows Version.
2. ohne Leerzeichen im Pfad entpacken, z.B. c:\Fiji\
3. c:\Fiji\fiji-windows-x64.exe starten.

Datei öffen, speichern, etc. findet man an den üblichen Stellen.
Unter Image finden sich die Änderung des Grafiktyps (8bit, 32bit, RGB, ...)

die Anpassung (Adjust)

beschneiden, duplizieren, skalieren, transformieren, ...

Unter Process findet man im Wesentlichen Filter und mathematische Operationen im weiteren Sinn

unter Analyze vor allem die Messfunktion für Mittelwert, Min, Max, etc., die Plot- und die Histogrammfunktion (funktionieren auch in markierten Bereichen oder auf Linien), sehr brauchbar auch die Skalierung zur exakten Messung von Längen und Flächen (Aufnahme eines Kalibrierobjektträgers nötig). Mit einer geraden Linie und Plot lässt sich z.B. der Querschnitt von Zellen vermessen (angedeutet im Bild)

und dann gibt es noch eine Menge Plugins, die schon dabei sind und die man aus dem Katalog nachladen kann.

Sehr schön sind auch die Beispiele

Fortsetzung folgt.

VG Klemens

Macros ermöglichen es reproduzierbare Abläufe zu automatisieren. Mit Ctrl-U wird der Recorder eingeschaltet, mit create kann das aufgenommene Programm in den Editor übernommen und bearbeitet werden.

Mit New oder Edit kommt man auch zum Editor mit den üblichen Funktionen. Programmiert kann in mehreren Sprachen werden (Sprache muss z.T. vorher installiert werden).

Dann kann man z.B. dieses Programm ablaufen lassen:

macro "ffc"{
    
    path = File.openDialog("Select a File");
    dir = File.getParent(path);
     name = File.getNameWithoutExtension(path);
    open(path);
    
    rename("Original");
    run("Duplicate...", "title=Flat");
    
    run("Gaussian Blur...", "sigma=30");
    run("Measure");
    m=getResult("Mean");
    mymin=getResult("Min");
    mymax=getResult("Max");
    selectImage("Original");
    run("Calculator Plus", "i1=Original i2=Flat operation=[Divide: i2 = (i1/i2) x k1 + k2] k1=" + m + " k2=0 create");
    
    //run("Brightness/Contrast...");
    setMinAndMax(mymin*0.9, mymax*1.1);
    saveAs("jpeg", dir + "/" + name + "_flat");
}

Wie hier schon angedroht, macht es eine Flatfield Korrektur ohne extra aufgenommenes Flat und speichert das korrigierte Bild ab. Mit Strg+R (oder Menü: Run->Run) wird das Programm gestartet, mit Strg+Umschalt+R kann der markierte Programmtext ausgeführt werden.

VG Klemens

Zum Vorverarbeiten der Bilder durch Mittelung, Median, etc. kann man einen Stack verwenden. Dazu nenne ich meine Objektbilder z.B. O_irgendwas_NN.tif und die dazugehörigen Flats z.B. H_irgendwas_NN.tif mit NN als fortlaufende Nummer. Dann lassen sich die Bilder mit File=>Import=>Image Sequence unter Angabe des Filters "O_" bzw. "H_" importieren.

mit Image=>Stacks=>Z Project... die gewünschte Operation ausführen

ergibt dann ein neues Bild bei dem alle Bilder z.B. gemittelt sind.

Als Macro sieht dann so aus. Das ergibt dann genau das was ich in diesem Posting gezeigt habe.

File.openSequence("D:/bilder/Mikroskop/flatfieldcorr/ralf/test/", " filter=H_");
rename("Flat");
run("Z Project...", "projection=[Average Intensity]");

File.openSequence("D:/bilder/Mikroskop/flatfieldcorr/ralf/test/", " filter=O_");
rename("Object");
run("Z Project...", "projection=[Average Intensity]");

run("Measure");
mymean=getResult("Mean");
mymin=getResult("Min");
mymax=getResult("Max");

selectImage("AVG_Object");
run("Calculator Plus", "i1=AVG_Object i2=AVG_Flat operation=[Divide: i2 = (i1/i2) x k1 + k2] k1=" + mymean + " k2=0 create");

run("Window/Level...");
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");

Man kann natürlich das alles noch verfeinern in dem man z.B. die Farbkanäle separiert und einzeln "behandelt".

VG Klemens

Zitat

Leider bin ich gescheitert mit der RAW Bearbeitung (Panasonic G9MK2)

Hallo Frank, lag es am Import der RW2 Datei? Mit dem Plugin Bio-Formats sollte das gehen. Es wird mit Fiji gleich mit installiert.

VG Klemens

Hab nochmal genauer nachgesehen und nicht auf die KI vertraut. Siehe https://bio-formats.readthedocs.io/en/v8.3.0/supported-formats.html
Es gibt dann noch einen extra Filehandler unter https://imagej.net/ij/plugins/file-handler.html der aber auch kein RW2 Format kennt. Panasonic hat da ein ganz eigenes Süppchen gekocht.

Mein Lieblingsfileviewer Irfanview kann RW2 öffnen. Damit in ein uncompressed TIFF umwandeln (geht auch im Batch).

Na ja, ad hoc würde ich eine Linie (in X, dann für Y die gleiche Prozedur) über die zu vermessenden Drähte ziehen und mit Analyze->Plot Profile ein Profil ausgeben lassen. Da kann man relativ gut die Abstände herausmessen. Automatisiert kenn ich nichts, das so präzise geht.
Die Messwerte (Intensitäten entlang der Linie) lassen sich als Text ausgeben und weiterverarbeiten.

Oder die Software von Karsten probieren ...

Ein Versuch:

Plot Profil, dann wiederum bei eine gewünschten Intensität eine Linie ziehen

Plot Profil

List

Dort wo die Null steht, ist ein Schnittpunkt = Kante (bestimmter Intensität). Jetzt die Abstände von Null zu Null weiterverarbeiten.

LG Klemens